研究表明，航空旅客感染疾病的比率比一般人要高。某项研究更是显示，航空旅客染上感冒的风险较一般人高出了20%之多。尤其是各种假期，往往成为一年当中最容易被传染疾病的时间段，飞机上到处是举家出游的人们，而与他们同行的，还有各种各样的病菌。
最常遭到诟病的是空气在机舱内的循环流动。但研究表明，如今大部分飞机上的高效微粒空气过滤器能够滤掉99.97%的细菌和病毒微粒。然而，当空气不流通时，例如飞机在地面等候时间过长时或者乘客上下机的时间，细菌和病毒就可能像瘟疫一样快速散播。
1979年进行的一项广为传播的研究发现，在熄火且无空气流通的飞机上连续坐三个小时后，54名乘客中有72%的人在两天内病倒了。在其中一名乘客身上，研究人员发现了导致其他乘客病倒的流感病毒株。鉴于此，2003年，美国联邦航空管理局（FederalAviationAdministration）向航空公司发出一个通告，提出在机舱空气不流通的情况下，乘客应当在30分钟内得到转移。但该通告并不具有强制性。
很大一部分传染风险来自邻座乘客的口、鼻和手。美国疾病控制与预防中心主办的杂志《新发传染病》刊登的一项在7月份进行的研究显示，在飞机上最容易传染疾病的高危险区域一般是你旁边、前面及后面的两个座位。
一些客观事实也增大了航空旅客下飞机后染上咳嗽和流鼻涕症状的风险。例如，距离地面三万英尺的高度令病菌更容易传播。机舱内空气极其干燥，病毒在低湿环境下更容易存活。而当粘膜过干时，阻隔病菌的能力就会大大减弱。高海拔也容易令人体感到疲倦，因此使人更容易受到感冒的侵袭。
此外，病毒和细菌在某些物体的表面能够存活长达数小时──据发现，一些病毒微粒在某些地方的存活时间甚至长达一整天。折叠餐桌就可能被污染，座椅靠背上的袋子装满了用过的纸巾、脏餐布和各种垃圾，更容易藏污纳垢。还有飞机上提供的枕头和毯子，也很难知道有哪些病菌藏在上面。
研究告诉我们，疾病很容易传播。2009年，一些澳大利亚研究人员追踪了感染H1N1流感病毒的乘客在长途飞机上的流感传播过程，他们发现，在乘坐同一航班的乘客中原本只有2%是病患，但结束飞行后的一周内有5%的乘客生了病。对于普通舱的乘客而言，如果距离其两排以内的某位乘客在飞行途中已有H1N1流感症状，那么该乘客感染H1N1流感病毒的风险将增加3.6%。而如果是前后两个座位之间的高危险区域，那么这种下机后染病的风险还会增加一倍多，达到7.7%。
